柔性印制板的通孔與剛性印制板一樣也可以用數控鉆孔，但不適用于卷帶雙面金屬化孔電路的孔加工。隨著電路圖形的高密度化和金屬化孔的小孔徑化，加上數控鉆孔的孔徑有一定界限，現在許多新的鉆孔技術已付實際應用。這些新的鉆孔技術包括等離子體蝕孔、激光鉆孔、微小孔徑的沖孔、化學蝕孔等，這些鉆孔技術比數控鉆孔更容易滿足卷帶工藝的成孔要求。
1.數控鉆孔
雙面柔性印制板中通的鉆孔現在大部分仍然是用數控鉆床鉆孔，數控鉆床與剛性印制板使用的數控鉆床基本上相同，但鉆孔的條件有所不同。由于柔性印制板很薄，能夠把多片重疊鉆孔，如果鉆孔條件良好的話可以把10～15片重疊在一起進行鉆孔。墊板和蓋板可以使用紙基酚醛層壓板或玻纖布環氧層壓板，也完全可以使用厚0.2～0.4mm的鋁板。柔性印制板所用鉆頭市場上有售，剛性印制板鉆孔用的鉆頭及銑外形用的銑刀也可以用于柔性印制板。
鉆孔、銑覆蓋膜和增強板的外形等的加工條件基本相同，但由于柔性印制板材料所使用的膠黏劑柔軟，所以十分容易附著在鉆頭上，需要頻繁地對鉆頭狀態進行檢驗，而且要適當提高鉆頭的轉速。對于多層柔性印制板或多層剛柔印制板的鉆孔要特別細心。
2.沖孔
沖微小孔徑不是新技術，作為大批量生產已有使用。由于卷帶工藝是連續生產，利用沖孔來加工卷帶的通孔也有不少實例。但是批量沖孔技術僅限于沖直徑O.6～0.8mm的孔，與數控鉆床鉆孔相比加工周期長且需要人工操作，由于最初工序加工的尺寸都很大，這樣沖孔的模具也相應要大，因而模具價格就很貴，雖然大批量生產對降低成本有利，但設備折舊負擔大，小批量生產及靈活性無法與數控鉆孔相競爭，所以至今仍無法普及。
但在最近數年里，沖孔技術的模具精密化和數控鉆孔兩方面都取得了很大的進步，沖孔在柔性印制板上的實際應用已十分可行。最新的模具制造技術可制造能夠沖切基材厚25um的無膠黏劑型覆銅箔層壓板的直徑75um的孔，沖孔的可靠性也相當高，如果沖切條件合適甚至還可以沖直徑50um的孔。沖孔裝置也已數控化，模具也能小型化，所以能很好地應用于柔性印制板沖孔，數控鉆孔和沖孔都不能用于盲孔加工。
3.激光鉆孔
用激光可以鉆最微細的通孔，用于柔性印制板鉆通孔的激光鉆孔機有受激準分子激光鉆機、沖擊式二氧化碳激光鉆機、YAG(釔鋁石榴石)激光鉆機、氬氣激光鉆機等。
沖擊式二氧化碳激光鉆機僅能夠對基材的絕緣層進行鉆孔加工，而YAG激光鉆機可以對基材的絕緣層和銅箔進行鉆孔加工，鉆絕緣層的速度要明顯比鉆銅箔的速度快，僅用同一種激光鉆孔機進行所有的鉆孔加工生產效率不可能很高。一般是首先對銅箔進行蝕刻，先形成孔的圖形，然后去除絕緣層從而形成通孔，這樣激光就能鉆極其微小孔徑的孔。但此時由于上下孔的位置精度可能會制約鉆孔的孔徑。如果是鉆盲孔，只要把一面的銅箔蝕刻掉，不存在上下位置精度問題。該工藝與在下面所敘述的等離子體蝕孔和化學蝕孔雷同。
目前受激準分子激光加工的孔是最微細的。受激準分子激光是紫外線，直接破壞基底層樹脂的結構，使樹脂分子離散，產生的熱量極小，所以可以把熱對孔周圍的損傷程度限制在最小范圍內，孔壁光滑垂直。如果能把激光束進一步縮小的話就能夠加工直徑10～20um的孔。當然板厚孔徑比越大，濕式鍍銅也就越難。受激準分子激光技術鉆孔的問題是高分子的分解會產生炭黑附著于孔壁，所以必須采取某些手段在電鍍之前對表面進行清洗以除去炭黑。但是激光加工盲孔時，激光的均勻性也存在一定的問題，會產生竹子狀殘留物。
受激準分子激光最大的難點就是鉆孔速度慢，加工成本太高。所以只限于用在高精度、高可靠性微小孔的加工。
沖擊式二氧化碳激光一般是用二氧化碳氣體為激光源，輻射的是紅外線，與受激準分子激光因熱效應而燃燒分解樹脂分子不同，它屬于熱分解，加工的孔形狀要比受激準子激光差得多，可以加工的孔徑基本上是70～100um，但加工速度明顯的比受激準分子激光速度快得多，鉆孔的成本也低得多。即使如此，仍比下面所敘述的等離子體蝕孔法和化學蝕孔法加工成本高得多，特別單位面積孔數多時更是如此。
沖擊式二氧化碳激光要注意的是加工盲孔時，激光只能發射至銅箔表面，對表面的有機物完全不必去除，為了穩定清洗銅表面，應以化學蝕刻或等離子體蝕刻作為后處理。 從技術的可能性來考慮，激光鉆孔工藝用于卷帶工藝基本上沒有什么困難，但考慮到工序的平衡及設備的投資所占的比例，它就不占優勢，但帶式芯片自動化焊接工藝(TAB，Tape Automated Bonding)寬度狹小，采用卷帶工藝可以提高鉆孔速度，在這方面已經有了實際的例子。
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